A FEA Júnior USP possui posição de destaque no Movimento Empresa Júnior (MEJ), no qual se tornou, por oferecer soluções reais para pequenas e médias empresas, ponto de referência em formação, gestão e inovação. Isso é comprovado por prêmios de qualidade em diversas áreas, como em excelência em gestão.
A participação da Empresa em núcleos e federações ocorre de maneira ativa, com seus membros em posições de destaques na diretoria dos núcleos de empresas juniores, o que lhe garante visibilidade e contato direto com o MEJ.
Brasil Júnior - www.brasiljunior.org.br 
Confederação Brasileira de Empresas Juniores - Tem o objetivo de representar nacionalmente as empresas juniores e desenvolver o Movimento Empresa Júnior como agente de educação empresarial e gerador de novos negócios. É formada atualmente por oito federações, representando sete estados, mais o Distrito Federal. A Brasil Júnior é o órgão máximo regulador do MEJ, atuando para garantir uma cultura de qualidade e de padrão estrutural mínimo às empresas juniores. Isso ocorre pela definição conjunta de planos e diretrizes do Movimento e as ações desenvolvidas por sua diretoria e, em cada estado, por sua federação local.
FEJESP -
www.fejesp.org.br 
Federação das Empresas Juniores do Estado de São Paulo - Fundada em 1990, visa integrar, desenvolver e representar as Empresas Juniores paulistas. A FEJESP também atua na organização do MEJ nacional, na busca de parcerias estratégicas, como o Estadão Júnior, para representação das EJs Federadas e em outras ações diretas de desenvolvimento e integração, como a Matriz de Benchmarking e os Treinamentos Integrados de Empresas Juniores (TIEJ). A Federação reúne 31 Empresas Juniores e está presente em oito cidades paulistas: Araraquara, Campinas, Franca, Piracicaba, São Bernardo do Campo, São Carlos, São José dos Campos e São Paulo.
Núcleo São Paulo 
Reúne as nove maiores empresas juniores ligadas a Ciências Econômicas, Contábeis e Administrativas da cidade de São Paulo, que levam o nome das mais renomadas Faculdades da capital. Tem o objetivo de realizar o intercâmbio de experiências e conhecimentos entre Empresas Juniores, visando desenvolver o MEJ e implementar a cooperação entre elas. Atualmente, o Núcleo São Paulo realiza ações para sua formalização e estruturação interna. Membros: ESPM Júnior, Júnior FAAP, FEA Júnior, PUC Júnior, Trevisan, EJ FGV, Júnior Pública FGV, Mackenzie Júnior e IBMEC Júnior.
Núcleo USP Júnior 
Núcleo das Empresas Juniores da USP – Constituída em 1993, é uma associação civil sem fins lucrativos e formada, exclusivamente, por alunos de graduação pertencentes a uma Empresa Júnior de qualquer campus da USP. O USP Jr oferece auxílio para a realização de eventos que complementem a formação do público, além de participar de eventos ligados ao Terceiro Setor. Sua estruturação interna é composta por articulações geridas pelas empresas juniores maiores e buscam a comunicação e o desenvolvimento do núcleo e de seus membros. O grande propósito da constituição do núcleo é diminuir a distância entre as empresas juniores da USP, além de buscar o reconhecimento do Núcleo perante a Reitoria e professores da Universidade.